O Fundo do Ambiente tem como missão gerar e mobilizar recursos destinados ao financiamento de iniciativas ambientais nas áreas de promoção de tecnologias limpas, gestão ambiental e na resposta a desastres ambientais. Segundo o Decreto 39/2000, de 17 de Outubro, que cria o FUNAB, constituem receitas próprias do FUNAB:

• 60% do valor das multas e taxas, cobradas ao abrigo do Decreto no 45/2004, de 29 de Setembro, consignadas a favor do FUNAB;
• Valores resultantes de compensações por acidentes ambientais ocorridos no país ou que o possam afectar;
• Produto da venda do selo ou certificado “produzido com tecnologias limpas”;
• Heranças, legados, doações e subsídios concedidos ao FUNAB;
• Produto de venda de publicações e estudos editados pelo FUNAB e das taxas cobradas pela publicidade nelas inserida;
• Valores cobrados destinados, nos termos da legislação em vigor no pais, destinados a preservação e conservação do ambiente;
• Quaisquer outras resultantes da administração do FUNAB ou que por Diploma legal lhe venham a ser atribuídas; e o
• Subsidio do Orçamento do Estado.